Le site des « cavités de Saint-Michel-le-Cloucq et Pissotte » se situe, en région Pays de la Loire, dans le département de la Vendée. Ce site Natura 2000 regroupe en réalité trois cavités souterraines situées sur la commune de Saint-Michel-le-Cloucq et un ancien tunnel ferroviaire situé sur la commune de Pissotte.
Au plan géographique, ces deux sites se situent respectivement au sud et sud-est des abords de la Forêt domaniale de Mervent-Vouvant non loin de Fontenay-le-Comte. Distants d’environ 4 km, ils sont séparés par la rivière Vendée, au sein d’un paysage semi-bocager entre plaine et forêt aux confins du bassin aquitain et du massif armoricain.